Wilanów do 1677 roku nosił nazwę Milonowa (bądź Milanowa) i sięga swoimi początkami wczesnego średniowiecza. Już w XII wieku istniała tu osada, zaś dobra milanowskie, jako osobna włość, należały do opactwa benedyktynów płockich. Po nabyciu dóbr przez Jana III Sobieskiego zmieniono nazwę na Villa Nova = Wilanów.
Dzisiejszy Wilanów już w XIII wieku stał się siedzibą parafii, która przez następne stulecia obejmowała rozległe tereny, sięgające nawet za Wisłę, aż do wsi Wiązowna. Przez Wisłę był tu bród odsługiwany prawdopodobnie przez benedyktynów.
Już w wieku XIV powstał pierwszy drewniany kościół pw. św. Leonarda, a następnie w wieku XVI – kościół drewniany, późnogotycki, z wolnostojącą dzwonnicą. Wokół kościoła, zgodnie ze zwyczajem średniowiecznym, założono cmentarz grzebalny.
Po blisko dwóch wiekach, w roku 1772 drewniany kościół parafialny ustąpił miejsca murowanej świątyni pw. św. Anny. Kościół wzniesiono z fundacji ówczesnego właściciela Wilanowa – księcia Augusta Adama Czartoryskiego (według projektu architekta Jana Kotelnickiego). Obok kościoła zbudowano plebanię.
Wnuczka księcia Adama Czartoryskiego – Aleksandra z Lubomirskich Potocka – w latach 1799–1831 wyposażyła wilanowską świątynię w artystyczne przedmioty kultu religijnego. Przeniesiono je tutaj z kaplicy Kmitów na zamku Książąt Lubomirskich w Wiśniczu. Jednym z najcenniejszych i zarazem najważniejszym jest obraz „Zwiastowanie Najświętszej Maryi Panny” (pędzla włoskiego malarza z XVII w.). Obraz ten umieszczono w nastawie ołtarza głównego.
Z inicjatywy Aleksandry Potockiej (w roku 1816) założono cmentarz grzebalny, z dala od kościoła. W pośrodku cmentarza wzniesiono w latach 1823–1826 neogotycką kaplicę-mauzoleum (projektu Christiana Piotra Aignera).
W latach 1857–1870 Aleksandra i August Potoccy przebudowali i powiększyli dotychczasowy kościół (według projektu architekta Henryka Marconiego). Kościół otrzymał formę neorenesansową i stanowi wspaniałą świątynię przy wilanowskiej rezydencji króla Jana III Sobieskiego. Do nawy głównej dobudowano prezbiterium oraz dwie kaplice: Najświętszej Maryi Panny i Świętej Anny. Wzniesiono też kopułę z transeptem. W kaplicy Potockich umieszczono obraz Matki Boskiej Łaskawej (autorstwa Leopolda Kuperweisera). Tu też znajdują się sarkofagi i epitafia właścicieli Wilanowa, których groby mają miejsce w krypcie – pod kaplicą.
Teren cmentarza przykościelnego otoczono murowanym ogrodzeniem z wieńcem kaplic wykonanych w terakocie, upamiętniających stacje Drogi Krzyżowej – według pomysłu zapożyczonego przez Marconiego z jednego z kościołów w Messynie. Rozbudowę zakończono i kościół poświęcono w roku 1870.
Podczas I wojny światowej kościół i otoczenie zostały zdewastowane. W roku 1916 wojska pruskie zdjęły pokrycie świątyni – zdarta została pięknie tłoczona blacha miedziana. Kopuła kościoła stanowiła dla wojsk rosyjskich i pruskich doskonałe obserwatorium całej doliny Wisły. Kościół narażony był na ostrzały – szczególnie od strony ursynowskiej skarpy.
Druga wojna światowa przyniosła nowe zniszczenia – we wrześniu 1939 roku w kościół uderzyło kilka pocisków armatnich. Kościół znów splądrowano, a otoczenie zdewastowano (zdobycz króla Jana III, zabytkowy „namiot Wezyra” spłonął). Proboszcz wilanowski – Ksiądz dr Jan Krawczyk został uwięziony przez Niemców a następnie rozstrzelany w Palmirach (2–4 kwietnia 1940 r.). Podczas Powstania Warszawskiego (1944) kościół został przez Niemców zamieniony na pomieszczenie (obóz) dla internowanych, zwłaszcza spośród inteligencji Stolicy i okolic. Świątynia została zbezczeszczona – tabernakulum żołnierze niemieccy rozbili, Najświętszą Eucharystię rozrzucili, naczynia liturgiczne zrabowali. Ze wspomnień Anny Branickiej wiadomo, że panny Branickie zebrały Święte komunikanty, część spożyły, część rozdały uwięzionym. Budynki probostwa zostały zniszczone i zrujnowane. Przetrwały natomiast dwa dzwony z 1723 i z 1777 roku, które ludność Wilanowa ukryła w kopułkach kościoła przed rabunkiem – zarówno w czasie I wojny (w roku 1916) jak i przed Niemcami w roku 1940. Obecnie oba dzwony zawieszone są w nowo zbudowanej Dzwonnicy Trzeciego Tysiąclecia.
Do roku 1979 doraźnie zabezpieczano i metodą gospodarczą remontowano zarówno świątynię, jak też dom parafialny i tzw. „organistówkę” – najstarszy murowany dom w Wilanowie. Od roku 1980, od chwili przybycia do Wilanowa nowego Proboszcza Księdza Prałata Bogusława Bijaka, rozpoczęły się gruntowne prace konserwatorskie w kościele i budynkach na probostwie. Świątynia i wszystkie budynki zostały pokryte blachą miedzianą. Wykończono dom parafialny, wybudowano nowy dom katechetyczny, budynki szkolne oraz dom kolegiacki. Probostwo wilanowskie jest obecnie znaczącym w Warszawie ośrodkiem działalności duszpastersko-katechetycznej. Świątynia i budynki przykościelne zostały wyposażone dziełami o charakterze malarskim i złotniczym.
Dnia 16 października 1998 roku Ks. Kardynał Józef Glemp – Prymas Polski podniósł kościół Świętej Anny w Wilanowie do godności Kolegiaty Archidiecezji Warszawskiej i powołał Kapitułę Opatrzności Bożej przy Kolegiacie Wilanowskiej. W Kolegiacie św. Anny sprawowana jest w każdą niedziele Msza św. w intencji Ojczyzny – wprowadzona w 1982 roku przez ks. Prałata Bogusława Bijaka i ks. Jerzego Popiełuszkę.
Doniosłe znaczenie dla Ojczyzny i Wilanowa ma podjęta przez Prymasa Polski inicjatywa zbudowania na Polach Wilanowskich Świątyni Opatrzności Bożej, jako Wotum Narodu za Wolność i Ojca Świętego Jana Pawła II – Polaka.
Dnia 2 maja 1999 roku Ksiądz Prymas – przy udziale Księży Biskupów, duchowieństwa i licznie zgromadzonych wiernych – poświęcił Krzyż na Polach Świątynnych. Kamień węgielny pod budowę Świątyni został poświęcony przez Ojca Świętego Jana Pawła II w dniu 13 czerwca 1999 roku na Placu Piłsudskiego w Warszawie – podczas VII Pielgrzymki do Ojczyzny. Uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego w fundamenty przyszłej Świątyni odbyło się w dniu 2 maja 2002 roku – w 211 rocznicę uchwalenia Konstytucji Majowej. W uroczystości wzięli udział: Ksiądz Kardynał Józef Glemp – Prymas Polski, Legat Papieski – Kardynał Franciszek Macharski, Nuncjusz Apostolski – Arcybiskup Józef Kowalczyk, Episkopat Polski, władze Rzeczypospolitej z Prezydentem, przedstawiciele Duszpasterstw Krajowych, Ruchów i Stowarzyszeń religijnych z całej Polski.
Do parafii św. Anny w Wilanowie należą ulice:
Biedronki, Biwakowa, Brodzik, Bruzdowa (numery na północ od ulicy Lercha), Chorągwi Pancernej, Cicha Dolina, Dostatnia, Europejska, Glebowa, Goplańska (tylko numery nieparzyste), Hektarowa, Husarii, Janczarów, Jara, Kolegiacka, Koralowa, Kosiarzy, Stanisława Kostki Potockiego, Królewicza Aleksandra, Królewicza Jakuba, Królowej Marysieńki (numery parzyste i numery nieparzyste od 1 do 7), Kubickiego, Lentza (numery parzyste od ulicy Wiertniczej do ulicy Królowej Marysieńki i numery nieparzyste), Leżakowa, Łokciowa, Łowcza, Łucznicza (od początku do ulicy Trójpolowej), Marconich, Młocarni, Murawy, Nad Wilanówką, Namioty, Niedzielna, Obornicka, Odpoczynek, Ostra, Pałac Wilanowski, Petyhorska, Piechoty Łanowej, Przedatki, Przyczółkowa (numery parzyste od 292 do 376), Rotmistrzowska, Ruczaj (numery parzyste od 40 do 98 i numery nieparzyste od 57 do 175), Rumiana, Satynowa, Siedliskowa, Sielanki, Syta (od numeru 72 do końca), Trójpolowa, Uprawna, Urodzajna, Vogla, Wał Zawadowski (od numeru 103 do końca), Wiertnicza (numery parzyste od 26 do 162 i numery nieparzyste od 43 do 169), Wiktorii Wiedeńskiej, Wycieczka, Wyprawa, Zaściankowa.
Prepozyci, Plebani i Administratorzy parafii św. Anny w Wilanowie:
Na wstępie dwie istotne uwagi:
1) W średniowieczu nasza parafia była pod wezwaniem św. Mikołaja. Od drugiej połowy XVI wieku miała za patronów św. Mikołaja i św. Annę. Natomiast wybudowany w 1772 roku kościół murowany za patronkę otrzymał tylko św. Annę i tak jest do naszych dni.
2) Dzisiejszy Wilanów do 1677 r. nazywał się Milanów. Król Jan III Sobieski po kupnie Milanowa przemianował go na Villa Nova, co niebawem spolszczono ma Willanów.
Opat Wacław 1221, 1228*
Opat Jan 1228, 1240
Opat Pomian 1252, 1254
Opat Marcin 1303
Opat Wawrzyniec 1325
Opat Jan Kujawianin 1329, 1339
Stanisław 1403, 1406
Gotard z Gurby 1427, 1432
Andrzej 1436, 1458
Mikołaj Małek 1472, 1479
Mikołaj z Bujał 1479, 1494
Daniel 1503
Mikołaj Milanowski 1556
Maciej z Wyśmierzyc 1599, 1603
Andrzej Kaliński 1623**
Adam Jabłowski 1697***– 1715
Andruszowski 1716-1719***
Kazimierz Kola 1720-1730
Tomasz Leupi 1731-1732
Ignacy Dynowski 1733-1754
Bartłomiej Dąbkowski 1755-1757
Kazimierz Stacewicz 1757-1774
Sebastian Lachowski 1774-1794
Michał Awedyk 1795-1816
Józef Gąsiorowski 1816-1817
Jan z Mathy Kuczkowski styczeń 1818-grudzień 1818
Ludwik Ziemiański 1818-1821
Kazimierz Markiewicz 1821-1835
Marcin Krzeczunowicz 1835-1837
Adam Szelewski 1837-1843
Piotr Suliński 1843-1846
Hipolit Dzierzgowski 1846-1860
Jan Czerechowski marzec 1859-grudzień 1860
Antoni Stelmaszczyk 1860-1905
Henryk Trawiński 1905-1917
Antoni Konieczny luty 1916-grudzień 1916
Bolesław Kietliński 1917-1935
Wacław Włoczkowski styczeń 1935-październik 1935
Jan Krawczyk 1935-1940
Franciszek Pyrzakowski 1940-1951
Władysław Rosłan 1951-1957
Eugeniusz Paciorkiewicz 1957-1968
Eugeniusz Petrykowski maj 1968-sierpień 1968
Kazimierz Konieczny 1968-1980
Bogusław Bijak 1980-2005
Tadeusz Sowa 2005-2007
Waldemar Macko 2007-obecnie urzędujący proboszcz
* – Wszyscy opaci wymienieni na początku listy należeli do benedyktyńskiego zakonu św. Wojciecha mającego swą siedzibę w Płocku. Zakon ten do 12 grudnia 1338 r. był właścicielem Milanowa.
** – Pojedyncze daty przy nazwiskach (aż do ks. Andrzeja Kalińskiego) oznaczają, że tylko dokumenty z tych lat poświadczają obecność księdza w naszej parafii.
*** – Dla ks. Jabłowskiego data 1697 jest przyjęta z dużym przybliżeniem. Natomiast dla ks(?) Andruszowskiego data 1719 wynika z przejęcia w roku następnym probostwa przez ks. Kazimierza Kolę.
Listę opracowali: Danuta Bekalarek i Krzysztof Kanabus