Wilanów do 1677 roku nosił nazwę Milonowa (bądź Milanowa) i sięga swoimi początkami wczesnego średniowiecza. Już w XII wieku istniała tu osada, zaś dobra milanowskie,  jako osobna włość, należały do opactwa benedyktynów płockich. Po nabyciu dóbr przez Jana III Sobieskiego zmieniono nazwę na Villa Nova = Wilanów.

Dzisiejszy Wilanów już w XIII wieku stał się siedzibą parafii, która przez następne stulecia obejmowała rozległe tereny, sięgające nawet za Wisłę, aż do wsi Wiązowna. Przez Wisłę był tu bród obsługiwany prawdopodobnie przez benedyktynów.

Już w wieku XIV powstał pierwszy drewniany kościół pw. św. Leonarda, a następnie w wieku XVI – kościół drewniany, późnogotycki, z wolnostojącą dzwonnicą. Wokół kościoła, zgodnie ze zwyczajem średniowiecznym, założono cmentarz grzebalny.

Po blisko dwóch wiekach, w roku 1772 drewniany kościół parafialny ustąpił miejsca murowanej świątyni pw. św. Anny. Kościół wzniesiono z fundacji ówczesnego właściciela Wilanowa – księcia Augusta Adama Czartoryskiego (według projektu architekta Jana Kotelnickiego). Obok kościoła zbudowano plebanię.